Inició su carrera cinematográfica en 1965 como asistente de Bernard Borderie y luego de Marguerite Duras.

Ha vivido con Dominique Sanda y luego con Judith Godrèche cuando ésta, a los 15 años, abandonó a su familia para trabajar de cerca con él. Más tarde tuvo un hijo con la actriz Anne Consigny, que luego fue actor: Vladimir Consigny.

Benoît Jacquot es miembro de "L'Exception", grupo de reflexión sobre el cine. Ha sido miembro del Jurado de Cannes en 2005, presidido por Emir Kusturica.

Benoît Jacquot trabaja de un modo discreto y sin alardes. Algunos aprecian su clasicismo ascético, pero a la vez hay toques en él muy modernos, cercanos al experimentalismo. Hubo un influjo de Robert Bresson en sus primeras películas, como L'assassin musicien, de 1975. Luego, abandonó ese rigor extremo, aunque siguiese experimentando, sobre todo en sus filmes más económicos.

Cuando hizo Corps et biens (1985), Danei señalaba la lentitud de su producción (tres filmes desde 1975) y su tendencia narcisista.Luego, ha ido rodando de continuo

Jean-Michel Frodon, en Cahiers du cinéma señala que su obra es «variada y desigual», y que es un autor ligado a lo real, a la literatura y al inconsciente.

Con cuatro participaciones en sus películas, la actriz Isabelle Huppert es una de sus colaboradoras recurrentes: Pas de scandale, L'école de la chair, La fausse suivante. También destaca su trabajo como protagonista casi absoluta en Villa Amalia (2009), cuando Jacquot adapta la novela de Pascal Quignard, compensando las palabras de éste con ensayos sobre el piano.

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